Originalmente, la Selva Misionera abarcaba cerca de 2.700.000 hectáreas, lo que representaba casi la totalidad del territorio misionero. Con las construcciones de las rutas nacionales 12, la 14 y otras tantas rutas provinciales se facilitó el acceso del hombre a casi todos los rincones de la provincia. La extracción de materia prima y el aumento poblacional junto con la expansión de las tierras usadas para el cultivo provocarón una grave disminución de la selva nativa. Actualmente, quedan unas 945.000 hectáreas lo que representa un 35% del territorio de Misiones. Con el fin de evitar una reducción mayor en esta área selvática, algunas organizaciones actualmente apoyan la creación de leyes forestales más rigurosas.
Entre las especies más importantes se hallan el cedro misionero, lapachos, timbós, ybira-pitás, pino Paraná o cury, guatambú peteribí, anchicho, palmeras, Cedro Maco, incienso, laurel blanco, laurel negro, palo rosa, Cancharana, rabo-itá, la maría preta, la mora blanca y el urunday entre otras.
